为加快集团医药工业的发展，做大做强自治区医药产业，新疆药业集团以土地置换、申报国债贴息项目等方式，募集资金1.2亿元，按照国家《药品生产质量管理规范》的要求，于2002年5月开始，对新疆制药厂的厂房设施、生产设备、工艺流程、质检仓储设施、环保洁净工程进行了全面的技术改造。2003年11月，综合制剂厂房、综合办公楼、锅炉房、配电供水系统、仓储设施等已竣工交付使用，综合提取车间、中药材库房即将建成投入使用。2004年1月26日通过了国家食品药品监督管理局GMP认证。综合制剂厂房内分为输液、水针剂、口服液体、口服固体、丸剂五个生产车间、七条现代化生产线、三大库房、中心化验室和相应的配套系统。 新疆制药厂主要生产有大容量注射剂、小容量注射剂、片剂、胶囊剂、颗粒剂、口服液、合剂、糖浆剂、煎膏剂九个剂型280多个品种，其中包括独家开发的具新疆地域特色的雪莲系列产品和其他民族药新品种，如复方雪莲胶囊、雪莲注射液、阿里红咳喘口服液、柴银感冒颗粒(病毒康冲剂)、六味西红花口服液和国家中药保护品种胆石清片等。