安徽省（水利部淮河水利委员会）水利科学研究院创建于1951年，经过70年的建设发展，已成为安徽省暨淮河流域水利行业专业人才齐全、学科领域广泛、研究技术手段完备的公益类综合性水利科学研究、技术研发和工程检测中心。建成合肥蚌埠两院区、10个研究所，专业领域涉及农村水利、水文水资源、水土保持与水生态、水工与河工、水利自动化与信息化、建筑材料与结构工程、地基与基础工程、工程检测与鉴定、工程设计与监理等。2015年批准为公益二类事业单位。现有事业编在职职工196人，其中：正高级工程师22人，高级工程师64人，中级职称90人，博士10人，硕士91人；享受国家及省政府津贴9人，省级学术技术带头人及后备人选4人，省“特支计划”创新领军人才2人，水利部5151人才2人，省“115”产业创新团队带头人1人。
安徽省（水利部淮河水利委员会）水利科学研究院建有五道沟水文水资源实验站、新马桥农水综合试验站、淮河试验研究中心、梅山高速水流实验室、肥东农水综合试验站等5个大型研究基地。依托本院建有水利水资源安徽省重点实验室、安徽省博士后科研工作站、安徽省水利工程病害防治技术研究中心、安徽省水利科技推广中心、水利部科技推广中心安徽省推广工作站、安徽省灌溉试验中心站、淮河流域灌溉试验中心站、合肥市建筑工程诊治工程技术研究中心等8个研发平台，以及河湖遥感监测中心、“互联网+水利”、水质水生态实验室等3个水利科技前沿研究与应用平台。设有安徽省水利工程质量检测中心站、淮河流域水工程质量检测中心、安徽省建筑工程质量监督检测站、安徽省闸坝安全检测中心、安徽省水利厅农田水利技术服务中心、安徽省水利厅水资源管理技术服务中心、安徽省建设工程检测检验公共服务平台等7个科技服务与检测机构，以及安徽省大禹水利工程科技有限公司、安徽省大禹工程勘测设计院2个院属科技企业。拥有各类资质44项，其中甲级（国家级）21项。
多年来，秉持“科研立院、人才强院、服务兴院”发展思路，树立“全面、和谐、安全、美好”的发展方向，紧紧围绕安徽水利发展与治淮需求，不断强化基础性、战略性、应用性、工程性水利科技工作，先后组织实施国家、省部级重点科研项目以及治淮与安徽重点工程建设科研项目近400项，获得各类科学技术奖160余项，其中国家级科技奖5项、省部级科技奖80余项，出版专（编）著105部，主持和参加编写国家、行业、地方技术标准60余部，发表论文2800余篇，获得国家授权类专利近300项，综合能力跻身于全国水利类科研机构前列。
在认真履行公益类研究机构职责的同时，水科院积极推进试验研究成果及新技术、新材料、新工艺的推广应用，提高水利建设与管理水平。先后承担一批国家和省部级科技攻关与支撑项目，完成数百项流域和区域性水资源、农田水利、节水灌溉、饮水安全、信息自动化等规划编制与技术咨询；积极参与治江、治淮和安徽重大水利工程的前期论证、咨询评价、技术服务等工作。各项技术成果的研发和转化应用为安徽水利、治淮建设及区域经济社会可持续发展提供了坚实的技术支撑，创造了显著的社会效益和经济效益。