水城县疾病预防控制中心原称水城县防疫站。防疫站于1959年正式成立，属正科级卫生防疫事业单位，当时有医务人员10余人。40余年来国家对卫生防疫工作高度重视，随着经济不断发展，2002年12月水城县卫生防疫站更名为水城县疾病预防控制中心，座落于六盘水市钟山区人民中路299号，2007年8月搬迁至双水办公，主要承担全县的疾控预防控制，重点抓好各类传染病、地方病、寄生虫病、慢性非传染性疾病的防制，对以上疾病进行流行病学调查研究。重点开展免疫规划、卫生消毒、健康教育与促进、公共场所及饮食从业人员以及学校卫生和劳动卫生的健康体检与监测。2003年4月，按照国家结核病控制项目要求，成立了结核病防治所，负责全县的结核病防治，机构内设办公室、财务科、传防科、地慢病科、结核病防治所、预防接种门诊、监测科、检验科。编制48人，现有职工47人，其中：正科级干部1人，副科级干部2人(其中1人为双肩挑人员)，九级职员12人，副高级职称1人，中级职称人员4人，初级职称22人，无职称人员2人，高级技工1人，中级技工1人，初级技工1人，聘用制工勤1人。现有职工文化程度：大学本科15人、大专24人、中专6人、初中及初中以下3人。